根据《中共日喀则市委办公室 日喀则市人民政府办公室关于印发〈日喀则市卫生健康委员会职能配置、内设机构和人员编制规定〉的通知》（日委办〔2019〕61号）《关于调整市卫生健康委员会所属事业单位的通知》（日机编发〔2021〕109号）精神，市卫生健康委员会是市人民政府工作部门，为正县级。内设机构8个，即办公室、政工人事科、疾病预防控制与职业健康科、医政医管科（藏医药管理科）、基层卫生与妇幼健康科、综合监督与干部保健科、人口监测与家庭发展科、市爱国卫生运动委员会办公室。同时，设置市老龄委员会办公室、市第二人民医院、市妇幼保健医院（计划生育技术指导站）、市疾病预防控制中心、市中心血站、市卫生健康监测与评价中心、市卫生考试中心、机关后勤服务中心8家事业单位。